A CPA-UFPE foi instituída pela Portaria do Reitor nº. 1291 de quatorze de julho de 2004, força da Portaria Ministerial nº. 2.051, de 09 de julho de 2004, nos termos da Portaria Ministerial Nº. 2.051, de 9 de julho de 2004, que regulamenta os procedimentos de avaliação do Sistema Nacional de Avaliação da Educação Superior (SINAES).

A Comissão Nacional de Avaliação da Educação Superior (Conaes) explicita em suas diretrizes que a CPA deve ser reconhecida como órgão de representação acadêmica e não da administração da instituição. Assim, essa CPA apesar de se inserir no organograma da UFPE como órgão do Gabinete do Reitor, preserva o princípio básico da autonomia. Contudo, reconhece o Conselho Universitário da UFPE como foro legítimo para aprovação de suas ações em última instância.

Em 2015, com vacância de representantes no Núcleo Gestor, este foi recomposto pelas Portarias nº 4235, de 05 de novembro de 2015 e nº 2394, de 06 de junho de 2016, tendo como compromisso maior a revisão do Regimento Interno da CPA, buscando maior agilidade nas ações e interação com demais setores da IES, envolvidos na missão de coleta de dados e avaliação.

Em 2016, o Núcleo Gestor formalizou a proposta do novo Regimento Interno da CPA, aprovado na 3ª SESSÃO EXTRAORDINARIA DO CONSELHO UNIVERSITARIO, realizada nos dias 4 e 5 de julho de 2017. Com base nesse regimento, a CPA foi reestruturada, contando agora com um Núcleo Gestor (NG) sediado no campus Recife, um Núcleo de Avaliação (NA) no Campus de Caruaru e outro no Campus de Vitória de Santo Antão, bem como uma secretaria administrativa, em Recife.

Após um período funcionando com uma comissão pró-tempore, a CPA retornu às suas atividades de forma normal a partir de agosto de 2024, e está realizando seus trabalhos junto aos cursos de graduação e pós-graduação da UFPE, auxiliando no tocante aos processos internos e externos de avaliação.