Ontologia
Essa Linha abrange o campo teórico de investigação reivindicado anteriormente pela metafísica. Não se limita, porém, a uma ontologia geral (o estudo das categorias do ser), mas abrange ontologias regionais onde categorias lógicas, epistemológicas, de linguagem são também fundamentais para o estudo de temas e problemas herdados da tradição metafísica: onto-teologia, espaço-tempo, causalidade, liberdade, identidade, subjetividade, verdade, relação mente-corpo. As pesquisas que se abrigam nesta Linha visam não apenas uma rememoração histórica dos pensadores da Modernidade e Contemporaneidade às voltas com esses problemas ontológicos, mas também uma retomada desses discursos para pensar essas problemáticas no horizonte da finitude, da analítica existencial, da virada lingüística, do avanço das neurociências, da tecnociência e dos respectivos referenciais teóricos.
Ética e Filosofia Política
Essa Linha de Pesquisa tem um duplo propósito. Em primeiro lugar tenta investigar a forma pela qual os homens se comportam em determinado momento histórico, criando um código de conduta que passa a ser adotado pelos indivíduos em sociedade. Procura, então, estudar seus fundamentos e sua trajetória na história, particularmente nas eras moderna e contemporânea. Em segundo lugar, procura articular o elemento ético com a filosofia política, através da reflexão crítica sobre temas que inquietam o homem diante dos problemas levantados pela sua inserção no mundo. Serão trabalhados, nesta linha, temas como o comportamento ético dos indivíduos, bioética, ecofilosofia, o impacto da tecnociência nos indivíduos e na sociedade, contratualismo, poder, liberalismo, praxis, e pós-modernidade.
Filosofia Analítica
É uma abordagem que privilegia a análise lógico-lingüística (ou conceitual) dos problemas que a tradição identifica claramente como "filosóficos". Por isso, um estudo da Lógica e da Filosofia da Linguagem nesta linha é considerado como propedêutica para desenvolver e produzir novos conhecimentos em qualquer outra área tradicional da Filosofia (Ética, Teoria do conhecimento, Estética, Metafísica, etc.). Esta linha, portanto, tem como enfoque a Lógica e a Filosofia da Linguagem (que, atualmente, não pensa independentemente das concepções da ação e da mente).
Filosofia Prática
Esta linha de pesquisa reúne as dimensões ética e política do agir humano, tanto individual como coletivo, agrupando pesquisadores da região aptos a apresentar, historicamente ou tematicamente, as grandes doutrinas da Ética e da Filosofia Política.
Metafísica
Esta linha de pesquisa pretende elucidar e discutir as questões metafísicas oferecidas pela tradição ocidental, notadamente, as referentes ao problema do ser, dos primeiros princípios, do ente supremo, etc. Considera, também, as transformações que a Metafísica sofre na modernidade como ciência das características ou predicados gerais do que existe (Ontologia), por um lado, e como uma série de novos e velhos problemas de Cosmologia, Teologia e Pneumática (Teoria da Alma), reunindo-se sob a rubrica da Metafísica especial.
Vislumbra, ainda, certos esforços sistemáticos de caráter positivo aportados pelo pensamento contemporâneo que reconstrói ou reformula teses da Metafísica tradicional, bem como toda a gama de críticas que a Metafísica recebe a partir de Kant, incluindo Nietzsche, Husserl, Hartmann, Heidegger e os vários encaminhamentos anti-metafísicos da Epistemologia hodierna.