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O Centro de Ciências Exatas e da Natureza (CCEN) foi fundado em 1974, sob a direção do Professor José de Medeiros Machado, a partir do então Instituto de Física e Matemática. Inicialmente, esse centro era formado pelos Departamentos de Estatística e Informática, Departamento de Física, Departamento de Matemática e, posteriormente, em 1982, foi criado o Departamento de Química Fundamental. Em 1999, o Departamento de Informática desvinculou-se do CCEN para formar o Centro de Informática (CIn).
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