O Programa de Pós-Graduação em Engenharia Aeroespacial considera, para concessão de bolsas, a classificação final de cada seleção e a ausência de vínculo empregatício dos candidatos. O número de bolsas disponíveis pode variar a cada seleção, dependendo da disponibilidade de recursos das agências de fomento.

As bolsas da FACEPE são concedidas através de editais de seleção semestrais, nos quais os docentes do Programa concorrem individualmente e, quando contemplados, têm preferência na indicação dos bolsistas.