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****Não deixer de ler as Notícias sobre a disciplina ****

Disciplina Genética Molecular - Mestrado e Doutorado em Genética/ Depto. Genética-UFPE - ano 2007

Duas considerações preliminares sobre a disciplina:

Primeiramente, o tempo é bastante curto e o conteúdo é muito vasto. Por isso, teremos fatalmente que priorizar certos assuntos, em detrimento de outros.

Em segundo lugar, precisamos entender que a forma de repasse do conhecimento não pode seguir sendo a forma "bancária" que se adota na universidade, apesar de combatida pelo Paulo Freire e condenada por todos os pedagogos. É preciso que cada aluno se engaje num processo de aprendizado sério. O que ele vai aprender, por sua vez, deve ser repassado aos colegas da forma mais efetiva possível. Em geral, um aluno ou um pequeno grupo fazem a leitura de vários textos e procuram, da forma mais efetiva possível, repassar o conteúdo dos textos para os demais colegas. Cabe ao professor discutir as bases da genética molecular e sanear dúvidas dos aspectos fundamentais dos textos lidos, após a leitura dos alunos.

Assim, neste ano, vamos adotar a seguinte estratégia:

a) um conjunto de textos-base será disponibilizado aqui, mas não deve ser tratado como único, cabendo aos alunos a tarefa de trazer mais literatura correlata, eventualmente mais atualizada (mas nunca mais superficial). Não serão aceitas substituições dos temas centrais por outros, apenas complementações dos temas tratados através de outros artigos pertinentes.

b) ao todo 8 temas centrais serão escolhidos, formando-se grupos para seu estudo e apresentação

c) na primeira aula o professor tratará dos princípios gerais da genética molecular

d) nos 3 dias subseqüentes os alunos deverão ler os artigos selecionados e buscar novos artigos pertinentes para completar ou expandir a temática. Uma assistência on-line será oferecida, através de correio eletrônico

e) no 5o. dia da disciplina a aula será dada pelo professor, procurando rever pontos conceituais dos artigos propostos

f) na semana seguinte, nos dias 6 a 9 da disciplina, serão apresentados os 8 temas, um em cada expediente. Os temas deverão ser extensamente discutidos (com a participação central do professor e eventuais convidados) em uma apresentação aprofundada. Todos os participantes deverão estar aptos a compreender a temática tratada, ao final da apresentação e da discussão. Uma falha na forma de apresentação pode levar à perda parcial ou total do tema, o que vai repercutir na prova.

g) no 10o. e último dia da disciplina será feita uma pequena prova, com perguntas voltadas aos princípios de genética molecular tratados nos seminários.

h) a nota final será uma composição entre a nota de avaliação do seminário (e discussão associada) e da prova.

Temas para este ano

 

Replicação - Checking on the fork: the DNA-replication stress-responsePathway. Alexander J. Osborn, Stephen J. Elledge and Lee Zou , 99 kb)

Transcrição - Exploring the Metabolic and Genetic Control of Gene Expression on a Genomic Scale. DeRisi et al., 1997 630 kb

Controle da expressão gênica em procariotos - The different roles of tryptophan transfer RNA in regulating trp operon expression in E. coli versus I, Charles Yanofsky, 1,01 Mb)

 

Controle da expressão gênica em eucariotos - Life without transcriptional control: from fly to man and back again. Christine Clayton, 171 kb)

DNA shuffling - In vitro and in vivo studies on the generation of the primary T-cell receptor repertoire. Ferenc Livák,  1,57 Mb)

Bioinformática - Computational Identification and Characterization of Novel Genes from Legumes. Graham et al., 2004  1 Mb

Engenharia Genética - RNA interference in biology and disease - Sledze e Williams, 2005 184 kb

Citogenética -Telomere maintenance, function and evolution: the yeast paradigm, Teixeira e Gilson, 2005 - 450 kb

Ao longo da disciplina informações serão repassadas através das Notícias (link no cabeçalho da página, aviso no letreiro móvel abaixo do cabeçalho)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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Disciplina Genética Molecular - Mestrado e Doutorado em Genética/ Depto. Genética-UFPE - ano 2006

Vamos seguir este ano a sistemática do ano passado. Inicialmente vamos dar uma rápida revisão das aulas 1 a 8 da graduação, para nivelar os participantes, se necessário. Depois vamos usar artigos específicos, um de revisão e um específico, para cada tema, para discutir e atualizar temas específicos. Estes artigos são sugestões dos participantes, triadas pelo professor.

No ano de 2006 são as seguintes as áreas específicas da turma: 
-Tecnologia do DNA Recombinante e PCR; 
-Marcadores Moleculares; 
-Citogenética
-Bioinformática 
-Transcrição de genes (Micro-array) 
O cronograma da disciplina será: 
Dia Hora Tema Participantes
28/03 8:00-12:00 Aula Professor
29/03 10:15-12:00 Escolha Professor e todos
30/03   Folga ----
31/03 8:00-12:00 Seminários: Bioinformática e Anticorpos Camilla/Paulo  e Alexandre
03/04 8:00-12:00 Seminários: Marcadores Moleculares Edilene/Rodrigo e Isaac/Neto e Nali
04/04 8:00-12:00 Papilomas, Transcrição e Relógio molecular Cibelle Cristina/André Luíz/Maria Angélica, Esteban e Carlos
05/04 10:15-15:00 Engenharia genética Mariana/Francisco Cariri e Fernando
06/04 8:00-12:00 Citogenética Cibele/Diogo/Sárah e Pollyana/ Merilane
07/04 8:00-12:00 Aula de dúvidas e discussões Todos
10/04 8:00-12:00 Prova Todos
Todas as tardes (exceto quinta) o professor estará à disposição para discutir artigos. 
Na quinta, se tiver que haver encontro, deverá começar depois das 17:00 pois o professor tem aula na graduação, ou pela manhã.
 
 
Os seminários estão listados abaixo e os papers disponíveis para download (clique com o botão direito para download!)
 
Dia Tema do seminário Dowload Grupo

31/03

Bioinformática

Anticorpos

1060 kb

1443 kb

Camilla/Paulo

Alexandre

03/04

Marcadores moleculares - Revisão

Marcadores moleculares - Específico

3400 kb

226 kb

Edilene/Rodrigo     textos suplementares (zip -525 Kb) NOVO!

Isaac, José Ribamar Neto e Luís Nali

04/04

Papilomas

Transcrição

Relógio molecular

103 kb

643 kb

1677 kb

Cybelle Cristina/Maria Angélica/ André Luiz

Esteban

Carlos

05/04

Engenharia genética - Revisão

Engenharia genética - Específico

+ um paper com sticky end PCR!

184 kb

206 kb

205 kb

Mariana/Francisco Cariri

Fernanda

 

06/04

Citogenética - Revisão- Telômeros

     um novo paper sobre Telômeros!

Citogenética - Específico - Citogenética de morcegos (bandeamento e FISH)

461 kb

303 kb

576 kb

Cibele/Diogo/Sárah

 

Pollyana/ Merilane

 

Apresentação em aula, corrigidas e ampliadas  (clique com o botão direito para download)

Bioinformática - Computational Identification and Characterization of Novel Genes from Legumes. Graham et al., 2004  644 kb

Engenharia Genética - RNA interference in biology and disease - Sledze e Williams, 2005 1,3 Mb
Engenharia Genética - Yeast vectors for integration at the HO locus, Voth et al., 2001  642 kb
Citogenética - Comparative Karyology of Brazilian vampire bats etc. Santos et al., 2001 6,7 Mb
Citogenética -Telomere maintenance, function and evolution: the yeast paradigm, Teixeira e Gilson, 2005 - 2,9 Mb
Marcadores moleculares - Lessons from an Evolving rRNA: 16S and 23S rRNA Structures from a Comparative Perspective, Gutell et al, 1994. 3, 1 Mb
Marcadores moleculares - Molecular markers closely linked to fusarium resistance genes etc, Benko-Iseppon et al., 2003 1,3 Mb
Papilomas - Differential effects of Human Papillomavirus DNA Types on p53 Tumor-Supressor Gene Apopitosis in sperm , Huang et al, 2002  471 kb
Anticorpos - Anticorpos monoclonais e nanocorpos - "camelização" de anticorpos parte I (geral) - 1,57 Mb
Anticorpos - Proteína Vif e Imunização intracelular (parte específica) - 881 kb
Transcrição - Microarrays (revisão da técnica) - 603 kb
Transcrição - Exploring the Metabolic and Genetic Control of Gene Expression on a Genomic Scale. DeRisi et al., 1997 440 kb
Relógios moleculares - Molecular Evidence for Deep Precambrian Divergence Among Metazoan Phyla. Wray et al., 1996  961 kb
Animação de RNAi - 20 Mb (arquivo avi) 

Arquivo txt de citocromo B de quirópteros (parcial, mas já pronto para rodar no programa ClustalX e ser visualizado no njPlot, ambos disponíveis para download.

Arquivo txt mais completo, mas que ainda falta trabalhar para converter o nome das sequências fasta em gênero_espécie para mais de 60% das sequências disponibilizadas. Um link com uma busca do NCBI para citocromo B de quirópteros permite identificar a que espécie corresponde a sigla no nome da sequência txt.

Link para a aula de construção de dendrogramas (filogenéticos) a partir de sequências de nt ou de aa.

 

Turma de 2006 (Turma ANTICORPOS CAMELIZADOS!)

-Alexandre Magalhães Martins;

-André Luiz Santos de Jesus;

-Camilla Moreira de Souza Tavares;

-Carlos José de Pessoa Saldanha;

-Cibele Gomes de Sotero Caio;

-Cybelle Cristina da Rocha;

-Diogo Cavalcanti Cabral de melo;

-Edilene Santos de Andrade;

-Esteban Espinosa Vidal;

-Fernanda Cristina Bezerra Leite;

-Francisco A. M. de Oliveira Cariri;

-Isaac Farias Cansanção;

-José Ribamar Costa Ferreira Neto;

-Maria Angélica Ramos da Silva;

-Mariana Marques de Sá C. Chagas;

-Merilane da Silva Calixto;

-Pollyanna B. de Siqueira Cavalcanti;

-Rodrigo Mendonça de Lucena;

-Sárah Gomes de Oliveira.

- Luiz Ronaldo Nali

 

Avaliação da disciplina pelos alunos (10/03/2006)

Fica claro que deveríamos ter tido umas aulas teóricas sobre o assunto genética molecular antes dos seminários , embora no primeiro dia de aula a maior parte dos alunos tenha confessado que já tinha um razoável domínio do assunto e que poderia aprender melhor através de seminários...Ocorre que a disciplina é muito curta, e se dermos mais espaço às aulas, teremos menos tempo para os seminários, que trazem sempre boa informação e discussão profícua. Já as aulas são mais "passivas" e, de qualquer forma, estão nos vários livros e sites. A pensar...

 

AVALIAÇÃO DA DISCIPLINA GENÉTICA MOLECULAR (PPGG) – 2006

(RESPOSTAS DE 20 ALUNOS)

1. Quanto ao conteúdo repassado, apenas 1 aluno julgou o conteúdo inadequado. A média das notas concedidas foi 9,07. A menor nota foi 8.

2. Quanto à forma de repasse (seminários com discussão), 17 julgaram adequada e 3 discordaram. A média das notas concedidas foi 8,36, sendo as notas correspondentes aos que discordaram 5, 6 e 8.

3. Quanto à assiduidade do docente, todos a consideraram adequada. A nota média foi 9,5.

4. Quanto à didática do docente, todos a consideraram adequada. A nota média foi 9,7.

5. Quanto ao apoio didático fora da sala de aula (site), todos o consideraram adequada. A nota média foi 9,7.

6. Quanto ao apoio didático fora da sala de aula (atendimento on-line), 14 o julgaram adequado e 6 não souberam opinar (não utilizaram o serviço). A média da avaliação do atendimento foi 9,3.

7. Quanto ao conteúdo apreendido na disciplina, a maioria o julgou satisfatório, mas 3 o julgaram insatisfatório. Os discordaram atribuíram notas 5, 7 e 8. A média da avaliação do conteúdo foi 8,67.

8. Quanto à necessidade de aula teórica de Genética Molecular preliminar aos seminários, apenas um aluno a julgou desnecessária. Em pelo menos duas avaliações há reiteradas referências à necessidade destas aulas, o que está de acordo com a discordância sobre a forma de repasse (seminários).

9. Quanto à impressão geral deixada pela disciplina, 7 a julgaram boa e 13 muito boa.        

 

 

Avaliação escrita da disciplina Genética Molecular

Responda sucintamente 5 (cinco) das questões, ao seu gosto.

 

1. Bioinformática  (Computational Identification and Characterization of Novel Genes from Legumes. Graham et al., 2004)

Se você tem uma sequência sem similaridade com qualquer outra nos vários bancos de dados disponíveis, o que sugere que ela possa ser parte de um gene?

 

2. Engenharia Genética  (RNA interference in biology and disease - Sledze e Williams, 2005)

Se, no processo de RNAi, você empregar uma sequência conservada numa família de genes, o que deverá acontecer com a expressão gênica das células modificadas? Por que?

 

3. Engenharia Genética - Yeast vectors for integration at the HO locus, Voth et al., 2001 

Uma das dificuldades em se clonar um segmento de gene amplificado por PCR convencional num vetor clássico de engenharia genética é que o vetor só pode ser “aberto” em sítios de restrição, e o PCR não fornece em geral extremidades coesivas (apenas uma base A em cada extremidade). O que o paper trás de novo quanto a isso?

 

4. Citogenética - Comparative Karyology of Brazilian vampire bats etc. Santos et al., 2001

Como você faria para demonstrar que uma RON identificada pela coloração por prata é de fato uma região transcricionalmente ativa para rRNA? (Você pode sugerir qualquer combinação de técnicas discutidas na disciplina ou ainda outras que não foram aventadas).

 

5. Citogenética -Telomere maintenance, function and evolution: the yeast paradigm, Teixeira e Gilson, 2005

Afinal, como é possível à levedura criar várias sequência teloméricas distintas a partir de um único molde de RNA na telomerase?

 

6. Marcadores moleculares - Lessons from an Evolving rRNA: 16S and 23S rRNA Structures from a Comparative Perspective, Gutell et al, 1994.

Qual a lição (ou as lições) que se pode extrair do artigo sobre o uso dos rRNAs em fologenia?

 

7. Marcadores moleculares - Molecular markers closely linked to fusarium resistance genes etc, Benko-Iseppon et al., 2003

Qual a vantagem de empregar um SCAR ao invés de repetir um DAF com um primer já conhecido?

 

8. Papilomas - Differential effects of Human Papillomavirus DNA Types on p53 Tumor-Supressor Gene Apopitosis in sperm , Huang et al, 2002

Qual seria, alternativamente ao artigo, a forma de verificar a quebra de DNA fita dupla numa sequência conhecida de um gene, se esta quebra ocorre apenas numa fração variável da população de células estudadas? Explique o procedimento.

 

9. Anticorpos - Anticorpos monoclonais e nanocorpos - "camelização" de anticorpos parte I (geral) - Proteína Vif e Imunização intracelular (parte específica)

Por que um anticorpo “camelizado” pode, mais facilmente que um anticorpo normal, inibir um sítio ativo de uma enzima?

 

10. Transcrição - Microarrays (revisão da técnica e aplicação no estudo do metabolismo de S. cerevisiae)

Suponha que você está estudando os genes expressos por um eucarioto cujos genes não têm introns e deseja descobrir um gene novo que seja muito expresso numa situação metabólica, mas não na outra. Como deveria proceder?

 

11. Relógios moleculares - Molecular Evidence for Deep Precambrian Divergence Among Metazoan Phyla. Wray et al., 1996

Que lições você extrai do artigo de Wray e cols. E da discussão sobre o tema em sala de aula?

 

 

Notas finais do semestre

-Alexandre Magalhães Martins;

-André Luiz Santos de Jesus;

-Camilla Moreira de Souza Tavares;

-Carlos José de Pessoa Saldanha;

-Cibele Gomes de Sotero Caio;

-Cybelle Cristina da Rocha;

-Diogo Cavalcanti Cabral de melo;

-Edilene Santos de Andrade;

-Esteban Espinosa Vidal;

-Fernanda Cristina Bezerra Leite

-Francisco A. M. de Oliveira Cariri;

-Isaac Farias Cansanção;

-José Ribamar Costa Ferreira Neto;

- Luiz Ronaldo Nali

-Maria Angélica Ramos da Silva;

-Mariana Marques de Sá C. Chagas;

-Merilane da Silva Calixto;

-Pollyanna B. de Siqueira Cavalcanti;

-Rodrigo Mendonça de Lucena;

-Sárah Gomes de Oliveira.

 

 

 

9,00

8,00

10,00

9,5

9,5

8,0

9,5

10,0

10,0

10,0

9,0

9,0

9,0

9,0

8,0

9,0

8,5

8,5

10,0

9,5

 

 

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Disciplina Genética Molecular - Mestrado e Doutorado em Genética/ Depto. Genética-UFPE - ano 2005

Este ano a disciplina terá dois blocos: a primeira semana, pelas manhãs, faremos uma revisão do conteúdo das aulas 1 a 8 da graduação. O assunto tratado será, portanto: origem da vida, replicação, transcrição e tradução, clonagem gênica, PCR e suas aplicações e sequenciamento de DNA. Na segunda semana, na terça feira, teremos uma visita curta ao site do NCBI para aprofundar e sedimentar alguns conceitos de genética molecular e terminaremos construindo um dendrograma com programas off-line, empregando sequências garimpadas da rede. Em seguida, na quarta e na quinta, teremos seminários sobre temas concernentes à genética molecular, alguns previamente selecionados pelo professor e a maior parte escolhida pelos alunos. Por fim, teremos os seminários específicos dos alunos inscritos de outros doutorados.

A presença de todos é obrigatória em todas as aulas. A avaliação será sobre os temas abordados na parte 2 da disciplina, incluindo as informações dos seminários que tiverem relacionadas diretamente com os temas tratados em aula. A avaliação será na forma escrita, na sexta feira, último dia da disciplina.

Para facilitar o trânsito de informações e os downloads, criamos um e-mail geral, Mestrado2005@gmail.com, que todos podem acessar com o password combinado em sala. Lá estão os artigos para download, além de linkados aqui.

 

Seminários dos alunos do mestrado

No. Nome Assunto

I

Rodrigo

Michely

Patrícia

Reprodutibilidade de AFLP, RAPD e SSR como marcadores genéticos para plantas.

Paper ( Reproducibility testing of RAPD, AFLP and SSR markers in plants by a

network of European laboratories. C.J. Jones1, K.J. Edwards, S. Castaglione, M.O. Winfield, F. Sala, C. van deWiel,, G. Bredemeijer, B. Vosman, M. Matthes, A. Daly, R. Brettschneider, P. Bettini, M. Buiatti, E. Maestri, A. Malcevschi, N. Marmiroli, R. Aert, G. Volckaert, J. Rueda, R. Linacero, A. Vazquez and A. Karp, 331 kb)

II

Carol

Nina

Operon tryp

Paper (The different roles of tryptophan transfer RNA in regulating trp operon

expression in E. coli versus B. subtilis, Charles Yanofsky, 1,01 Mb)

III

Tamara

Danielle

Gabriel

Regulação pós-transcricional

Paper (Life without transcriptional control: from fly to man and back again. Christine Clayton, 171 kb)

IV

Vanessa

Eliane

Manuela

Replicação em stress

Paper ( Checking on the fork: the DNA-replication stress-response

Pathway. Alexander J. Osborn, Stephen J. Elledge and Lee Zou , 99 kb)

V

Vladimir

Helder

Ana

Transporte de mRNA do núcleo ao citoplasma

Paper  ( Review: Movement of mRNA from Transcription Site to Nuclear Pores

Joan C. Politz and Thoru Pederson, 48 kb)

VI

Ednaldo

Reparo S.O.S.

Paper (172 kb)

 

Seminários dos doutorandos

No. Nome Assunto

I

Yone

Geração de diversidade de receptores de linfócitos T in vivo e in vitro.

Paper (In vitro and in vivo studies on the generation of the primary T-cell receptor repertoire. Ferenc Livák,  1,57 Mb)

II Marcela

Identificação de raça em animais domésticos I.

Paper (Genetic Diversity of Four Cattle Breeds Using Microsatellite Markers. Marco Antonio Machado, Ivan Schuster, Mário Luiz Martinez, Ana Lúcia Campos, 167 kb)

III Roberto

Identificação de raça em animais domésticos II.

Paper ( Genetic variations between African and German sheep breeds, and description of a new variant of vitamin D-binding protein. E.M. Ibeagha-Awemu, G. Erhardt, 198 kb)

IV JúlioCésar

Melhoramento genético assistido em porcinos.

Paper (A QTL on pig chromosome 4 affects fatty acid metabolism: Evidence from an Iberian by Landrace intercross. M. Pérez-Enciso, A. Clop†, J. L. Noguera, C. Óvilo, A. Coll, J. M. Folch, D. Babot, J. Estany, M. A. Oliver, I. Díaz, and A. Sánchez, 194 kb)

 

Disciplina Genética Molecular - Mestrado em Genética/ Depto. Genética-UFPE - ano 2003

Esta disciplina é oferecida ao Curso de Pós-Graduação em Genética (Mestrado) do Departamento de Genética do CCB/ UFPE, mas é a primeira vez que tem uma página de apoio específica on-line, por enquanto hospedada dentro da página geral BiolMol. A idéia aqui é oferecer aos participantes uma lista de artigos comentados e a estrutura da disciplina, além de outros elementos que possa ser importantes na condução da disciplina. Não há cronograma, nem dias de prova ou coisas assim, porque a disciplina está sendo trabalhada em conjunto com os participantes.

Em função do perfil dos participantes, decidimos em 2003 seguir o roteiro básico da graduação, incorporando textos de artigos científicos para aprofundar os temas considerados mais importantes. Nesta fase os artigos estarão disponíveis para download sem necessidade de senha. Ainda no primeiro semestre deste ano (2003) todos os artigos disponibilizados e obtidos através da CAPES serão acessíveis apenas aos alunos e professores da UFPE e aos de outras IES com acesso ao portal de periódicos da CAPES, mediante senha distribuída aos alunos e aos demais interessados, via cadastro on-line.

Além dos artigos citados, e pelo fato de estarmos este ano celebrando os 50 anos da descoberta da estrutura do DNA, há uma disponibilidade de bons textos sobre DNA na rede. Um dos sites mais importantes é a página especial da Nature sobre a data:

http://www.nature.com/nature/dna50/index.html

que contém um bom número de ótimos textos para leitura (em pdf, alguns pesados para download, embora curtos).

 

A estrutura provisória da disciplina será, portanto:

I. Origem da vida e biodiversidade (este módulo e todos os demais até o VI, inclusive, serão avaliados através dos seminários dos artigos disponibilizados na página)

O texto de apoio é a primeira aula do site BiolMol. Ao longo dos últimos 2 semestres reescrevi várias vezes este início, mas ainda pode melhorar muito. O ponto fundamental aqui é a questão do surgimento muito precoce da vida, atestado pelos registros fósseis. O que temos, no caso, são apenas impressões deixadas pelos organismos unicelulares deste período da evolução. Depois de ler vários artigos sobre a geração de biomoléculas a partir de processos abióticos cheguei à conclusão (provavelmente errada) de que os primeiros organismos vivos tinham seus genomas compostos de RNA. Agora acho mais acertado dizer que a primeira molécula informacional foi o RNA, mas que a vida só surgiu quando o DNA foi sintetizado e tomou o lugar do RNA. Esta evolução molecular deve ter ocorrido no período pré-biótico. Alguns artigos estão disponíveis para a discussão desta parte de nossa disciplina. Após estas duas semanas que se seguem voltarei a reescrever o início da página BiolMol e ajustar melhor o conteúdo às várias tendências da atualidade no assunto (até onde permitir minha ignorância e falta de tempo).

Artigos de apoio (para gravar o arquivo no seu computador, clique com o botão direito do mouse, escolha a opção Salvar destino como e grave numa pasta que você escolher)

Davis, B.K. - Molecular evolution before the origin of species. Progress in Biophysics & Molecular Biology  (2002) 79: 77–133 Tamanho: 1074 kb. Comentários: Um artigo complexo e de difícil leitura, porque exige um conhecimento básico de bioquímica e de genética, mas que pode ser lido com proveito ao fim da disciplina, como exercício sobre o grau de amadurecimento atingido durante as aulas/semninários.

 

Wolpert, L. - The Origin of Metazoa and the Egg: a Role for Cell Death.

Journal of theorical Biology (1998) 193: 535 - 537 Tamanho: 105 kb. Comentários: Este é um artigo quase filosófico. Curto, ele revê conceitos importantes em biologia e evolução, e discute vantagens e desvantagens em ser metazoário.

Ayala, F.J., Rzhetsky, A., Ayala, Fr.J. - Origin of the metazoan phyla: Molecular clocks confirm paleontological estimates. Tamanho: 166 kb. Proceedings of the Natlional Academy of Sciences USA (1988) 95: 606–611 Comentários: embora possa se argumentar que os genes não evoluem numa mesma taxa, entr si, nem mesmo numa mesma taxa o tempo todo, os relógios moleculares baseados em sequências de aminoácidos ou nucleotídeos têm sido muito empregados. Neste artigo há um esforço em corroborar com dados moleculares a cronologia da evolução próxima à explosão cambriana.

Feng, D-F., Cho, G., DOOLITTLE, R.F.- Determining divergence times with a protein clock: Update and reevaluation.  Tamanho: 180 kb Proceedings of the Natlional Academy of Sciences USA (1997) 94: 13028–13033 Comentários: este artigo traz uma visão crítica de divisão dos seres vivos em eu- e arqueobactérias e eucariotos. A disponibilidade de genomas de vários procariotos e eucariotos permite a construção de uma nova hipótese de trabalho, que ainda tem um caminho pela frente, mas que pode mudar aquilo que está escrito na primeira aula da página BiolMol.

 

Hedges, S.B., Chen, H., KumarS.,  Wang, D.Y-C., Thompson, A.S., Watanabe, H. - A genomic timescale for the origin of eukaryotes. Tamanho: 871 kb  BMC Evolutionary Biology (2001) 1 (4), 10 pgs. (disponível também em  http://www.biomedcentral.com/1471-2148/1/4) Comentários: um conjunto de argumentos é colocado ao leitor neste artigo para apoiar a hipótese de mais de um evento simbiótico na origem dos eucariotos. Segue a mesma linha do artigo de Feng e cols., acima. Os dois artigos são de leitura relativamente complexa.

 

Pawlowski, J., Montoya-Burgos,J-I.,  Fahrni,J.F., Wiiest,J, Zuninetti, L. - Origin of the Mesozoa Inferred from 18s rRNA Gene Sequences.  Tamanho: 871 kb  Mol. Biol. Ed. (1996) 13(8):1128-l 132 Comentários: o artigo revê a origem dos Mesozoa, um grupo de organismos semelhantes a vermes, de origem incerta. O artigo não é de leitura difícil.

 

II. Estrutura e função do DNA

(sem seminários específicos)

III. Replicação do DNA

Del Solar, G; Hernandez-Arriaga, A.M.; Gomis-Rüth, F.X., Coll, M. e Spinoz, M.

A Genetically Economical Family of Plasmid-Encoded Transcriptional Repressors Involved in Control of Plasmid Copy Number. Tamanho: 2,1 Mb. Journal of Bacetriology (2002) 184(18): 4943–4951. Revisão de vários mecanismos de controle do número de cópias de plasmídeos numa bactéria, baseados em repressores da transcrição. O que a transcrição tem a ver com a replicação do plasmídeo? leiam.

 

Messer, W. - The bacterial replication initiator DnaA. DnaA and oriC, the bacterial mode to initiate DNA replication. Tamanho: 615 kb FEMS Microbiology Reviews (2002)  26: 355 - 374 Comentários: o artigo relativamente longo revê a participação da DnaA e outras proteínas no início da replicação do DNA bacteriano e em outras funções. O controle da replicação é de vital importância em todos os organismos e este artigo lança luz sobre o sistema em procariotos. A leitura é de média complexidade.

 

Pollack, J. R.,  Vishwanath, R. Y. -  Characterizing the physical genome. Tamanho: 1026 kb Nature Genetics (2002) 32 (Suppl.): 515 - 521 Comentários: o artigo é bastante técnico e revê o uso de microarrays para estudar as regiões diferentes do genoma quanto à sua provável função e arquitetura. Muito bom. A leitura é média para difícil.

 

Osborn, A.J.,  Elledge, S.J., Zou, L. - Checking on the fork: the DNA-replication stress-response pathway. Tamanho: 99 kb TRENDS in Cell Biology (2002) 12(11): 509-516 Comentários: a replicação é entendida aqui como um período de stress importante na vida da célula. O artigo revê vários mecanismos que estão envolvidos na preservação da integridade do genoma. Leitura de média complexidade.

 

Bustamante, C.,Bryant, Z. Smith, S.B. - Ten years of tension: single-molecule DNA mechanics. Tamanho: 1.673 kb Nature (2003) 421: 423 - 427. Comentários: os autores revêem o conhecimento acumulado sobre as propriedades físicas do DNA na última década, obtidos pelo estudo de uma única molécula de DNA por vez. É uma leitura difícil para quem não tem um bom trânsito em mecânica, mas o artigo pode ser lido sem muita atenção aos detalhes matemáticos, com bom aproveitamento.

Alberts, B. - DNA replication and recombination.  Tamanho: 1.275 kb  Nature (2003) 421: 431 - 435 Comentários: revisão geral dos mecanismos de replicação e recombinação tradicionalmente encontrados nos livros-texto (e nos textos Biolmol também...). Leitura fácil, mas que apenas confirma o que já existe na página Biolmol.

 

Kelleher,C, Teixeira, M.T., Förstemann, K., Lingner, J. - Telomerase: biochemical considerations for enzyme and susbtrates. Tamanho: 619 kb TRENDS in Biochemical Sciences (2002) 27(11): 572 - 579  Comentários: O artigo revê praticamente tudo o que se sabe sobre as telomerases. Leitura de média complexidade, mas agradável.

 

IV. Transcrição

Roberts, G.C. and Smith, W.J. - Alternative splicing: combinatorial output from the genome.  Tamanho 311 kb. Current Opinion in Chemical Biology (2002) 6:375–383 Comentários: trata-se de uma curta, mas completa revisão da forma com que o splicing alternativo contribui para o aumento da diversidade de proteínas. Inclui métodos de estudo. Se bem aproveitado, dá um bom seminário.

 

 

 

V. Tradução e código genético

VI. Controle da expressão gênica em procariotos

        Para estes três módulos há muitos artigos interessantes, que completam o que foi falado em sala de aula. Provisoriamente os artigos estão apenas na forma de resumos, nas 5 webpages que criei a partir das buscas no Pubmed e de uma filtragem manual de mais de 1000 artigos. Será preciso que os participantes escolham, pelo resumo, o que querem ler e baixem da Internet (http://www.periodicos.capes.gov.br) o pdf, de uma máquina da Universidade ou de outra IES. Mais tarde colocarei os pdf disponíveis na Capes à disposição para download, comentados como acima.

Primeira parte da busca para transcrição e tradução

Primeira parte da busca para transcrição e tradução

Primeira parte da busca para transcrição e tradução

Busca para splicing e vários temas relacionados

Busca por atenuação

    Em cada uma destas buscas há artigos sobre o assunto central da busca e alguns outros mais ou menos afiliados, mas pertinentes aos assuntos da primeira parte do curso. Há três sou quatro, apenas, que fazem parte do elenco de curiosidade do professor...

 

VII. Módulo de técnicas (será avaliado por prova escrita)

a) Enzimas de restrição, bibliotecas genômicas e de cDNA.

b) PCR e técnicas derivadas

c) Sequenciamento de DNA

(seguiremos essencialmente o texto Biolmol)

 

Cronograma (para os seminários, ver mais abaixo)

Dia

Tema

Responsável

Horário

31/03/2003 História...  Natural e da Biologia Molecular Paulo Andrade 09:00-12:00
  DNA: Estrutura e Replicação; Transcrição Paulo Andrade 14:30-18:00
01/04/2003 mRNAS, Tradução e código genético Paulo Andrade 10:30-12:30
  Controle da expressão gênica Paulo Andrade 14:00-18:00
02/04/2003 Clonagem gênica, parte I: bibliotecas genômicas Paulo Andrade 09:00-12:00

Intervalo de dois dias úteis e um fim de semana para estudo dos primeiros artigos

07/04/03 Triagem de bibliotecas genômicas, bibliotecas de cDNA

 

09:00-13:00

08/04/03 Triagem de bibliotecas de cDNA, PCR e aplicações   9:00-13:00
09/04/03 Sequenciamento, montagem de clusters e contigs   9:00-12:00
10/04/03 Seminários    
10/04/03 3a. mini-prova e 1 seminário   9:30-12:00

Cronograma de apresentações de seminários

Grupo

Integrantes

Seminário

1

Ivan

Plínio

1- Characterizing the physical genome (Terça-08/04/03)

2- Promotor escape by RNA polymerase II (Sem data definida)

2

Sandra

Sérgio

1- The bacterial replication initiator DNA A. DNA A and ORIC, the bacterial mode to initiate DNA replication. (Terça-08/04/03)

2- Translocation of RNA during protein synthesis (Sem data defnida)

3

Erilane

Leila

Pedranne

1- Origin of the Mesozoa inferred from 185 rRNA gene sequences (Segunda – 07/04/03)

2- Turning telomerases off and on (Sem data defnida)

4

Tatiany

Marinalda

Isabel

1- Telomerase: biochemical considerations for enzyme and substrate (Terça-08/04/03)

2- Ainda não definido*

5

Marcia

Rafael

Ramisse (ouvinte)

1- DNA replication and recombination (Terça-08/04/03)

2- Ainda não definido*

6

Albert

Esdras

Éden

1- Origin of the metazoa phyla; modular clocks confirm paleontological estimates (Segunda – 07/04/03)

2- Alternative splicing (Sem data defnida)

3- RNA processing and localization (Sem data defnida)

7

Antônio

Patrícia

Walkíria

1- The origin of metazoa and the egg: a role for cell death (Segunda – 07/04/03)

2- Selective translation of mRNAs at synapses (Sem data defnida)

 

Quanto ao livro, vamos seguir desta vez o Stracham & Read (veja a primeira referência de http://www.biolmol.hpg.ig.com.br/bibliografia.htm).

 

Lista de participantes, resultado (ainda a ser lançado) e aula prática: clique aqui

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