Disciplinas oferecidas à Pós-Graduação em Ciências Biológicas (Doutorado) do centro de Ciências Biológicas da Universidade Federal de Pernambuco

Disciplina Biologia Molecular (esta discplina foi fundida com Biologia celular, em 2006, e não é mais ministrada pelo Prof. Paulo Andrade)

Disciplina Genética Molecular

Disciplina Imunologia Celular e Molecular

Disciplina Biologia Molecular - Doutorado em Ciências Biológicas

Esta disciplina obrigatória é oferecida todo ano ao Curso de Doutorado do CCB. Seu conteúdo é relativamente flexibilizado para que possa atender da melhor forma possível aos interesses dos alunos inscritos. Por isso, haverá uma divergência significativa nos temas abordados de ano a ano.

Turma do ano 2003/ Grupos formados/ Temas selecionados

Grupo 1: Carlos, Daisi e Paulo:
Diversidade de anticorpos / 1 noção da ação de anticorpos T / 2 mecanismos
da geração da densidade T

Grupo 2: Ana Emilia, Francisco e Daniel:
Degradação de proteínas / 1 revisão geral / 2 proteossomos

Grupo 3: Adália, Fernando e Eduardo:
Síntese vetorial / 1 reticulo endoplasmático / 2 cloroplastos

Grupo 4: Elba, Mário e Norma:
Síntese vetorial / 1 mitocondria / 2 VSG Trypanosoma brucei

Grupo 5: Andréia, Flávia e Ingrid
Orto e N glicosilação: / 1revisão geral / 2 LPG de Leishmania
 

Glycosylation of proteins in plants and invertebrates.

Wilson IB.

Curr Opin Struct Biol 2002 Oct;12(5):569-77

O-Glycosylation of nuclear and cytosolic proteins. Dynamic interplay between O-GlcNAc and O-phosphate.

Comer FI, Hart GW.

J Biol Chem 2000 Sep 22;275(38):29179-82

Control of VSG gene expression sites.

Borst P, Ulbert S.

Mol Biochem Parasitol 2001 Apr 25;114(1):17-27

The VSG expression sites of Trypanosoma brucei: multipurpose tools for the adaptation of the parasite to mammalian hosts.

Pays E, Lips S, Nolan D, Vanhamme L, Perez-Morga D.

Mol Biochem Parasitol 2001 Apr 25;114(1):1-16

The role of phosphoglycans in Leishmania-sand fly interactions.

Sacks DL, Modi G, Rowton E, Spath G, Epstein L, Turco SJ, Beverley SM.

Proc Natl Acad Sci U S A 2000 Jan 4;97(1):406-11

Disciplina Genética Molecular - Doutorado em Ciências Biológicas

Esta disciplina eletiva já foi oferecida uma vez ao Curso de Doutorado do CCB, e desde 2003 está disponível on-line. A idéia aqui é oferecer aos participantes (inscritos em 2002 ou antes no Curso ou provenientes de outros cursos de PG no Estado e fora dele) uma lista de artigos comentados e a estrutura da disciplina, além de outros elementos que possa ser importantes na condução da disciplina. Não há cronograma, nem dias de prova ou coisas assim, porque a disciplina está sendo trabalhada em conjunto com os participantes.

Em função do perfil dos participantes, decidimos seguir em parte uma proposta de curso avançado de genética molecular oferecido nos Estados Unidos, pinçando dele alguns temas e juntando outros (a organização do genoma e a análise de algumas técnicas específicas em genética molecular, que serão eventualmente empregadas pelos participantes em seus trabalhos de tese). Para o curso americano referido acima pode-se consultar o endereço http://bioweb.wku.edu/courses/biol566/ .

A estrutura da disciplina será, portanto: (o cronograma está mais abaixo)

I. Regulação gênica

a) função da cromatina

b) epigenética

II. HSP

III. Organização do genoma

IV. Técnicas selecionadas em genética molecular

a) AFLP

b) gene targeting (recombinação homóloga para caracterização de função de genes)

Para cada assunto haverá uma ou duas pequenas aulas introdutórias e cada participante (até 3) deverá apresentar um artigo dentro do tema.

Uma seleção de artigos provenientes do curso americano está disponível para download neste link: artigos. Nele também há um pequeno comentário sobre cada artigo, feito pelo professor (e que deverá posteriormente ter os comentários do aluno que o apresentou durante a disciplina), e o resumo, quando houver.

Ainda no primeiro semestre deste ano (2003) todos os artigos disponibilizados e obtidos através da CAPES serão acessíveis apenas aos alunos e professores da UFPE e aos de outras IES com acesso ao portal de periódicos da CAPES, mediante senha distribuída aos alunos e aos demais interessados, via cadastro on-line.

Cronograma

Quanto ao livro, vamos seguir desta vez o Stracham & Read (veja a primeira referência de http://www.biolmol.hpg.ig.com.br/bibliografia.htm).

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Disciplina Imunologia Celular e Molecular

Alunos de 2008: o texto e toda a documentação abaixo são reativos à última vez que a disciplina foi oferecida (em 2006). Vamos seguir essencialmente o mesmo roteiro, porém só discutiremos a metade do conteúdo, pois desta vez só temos 40 h efetivas de aula. O restante do conteúdo será oferecido como uma segunda eletiva, em agosto ou setembro de 2008, caso haja interesse por parte dos alunos. Procuraremos estabelecer um cronograma no primeiro dia de aula e uma lista dos participantes, com e-mail de todos. Dúvidas e contato sempre pelo e-mail do professor, abaixo.

Esta disciplina eletiva já foi oferecida outras vezes ao Curso de Doutorado do CCB, e a partir de 2005 está disponível on-line. A idéia aqui é oferecer aos participantes todas as informações sobre a disciplina e seu andamento, inclusive uma lista de artigos comentados, além de outros elementos que possa ser importantes na condução da disciplina. 

Professor da disciplina: Paulo Paes de Andrade - andrade@ufpe.br 

Instruções para o ano de 2008

O livro adotado será  o Cellular and Molecular Immunology - Abul K. Abbas e Andrew H. Lichtman,

5a. edição , Elsevier Saunders, Ed., 564 pp , 2005.   

Uma cópia pdf do livro escaneado pode ser obtida em http://www.4shared.com/. Digite molecular immunology na caixa de busca. 

O livro vem em duas partes, que devem se baixadas e gravadas na mesma pasta (estão zipadas). Ao expandir a primeira, a segunda é automaticam/ usada.

Conteúdo dos seminários (abaixo)

2. Cells and Tissues of the Immune System

Cells of the Immune System

    Lymphocytes

    Antigen-Presenting Cells

Anatomy and Functions of Lymphoid Tissues

    Bone Marrow

    Thymus

    Lymph Nodes and the Lymphatic System

    Spleen

Cutaneous Immune System

Mucosal Immune System

Pathways and Mechanisms of Lymphocyte Recirculation and Homing

    Recirculation of Naive T Lymphocytes Through Lymphoid Organs

    Migration of Effector and Memory T Lymphocytes to Sites of Inflammation

    Recirculation of B Lymphocytes

Summary

3. Antibodies and Antigens

Natural Distribution and Production of Antibodies

Molecular Structure of Antibodies

    General Features of Antibody Structure

    Structural Features of Variable Regions and Their Relationship to Antigen Binding

    Structural Features of Constant Regions and Their Relationship to Effector Functions

    Associations Between Heavy and Light Chains

    Synthesis, Assembly, and Expression of Ig Molecules

Antibody Binding of Antigens

    Features of Biologic Antigens

    Structural and Chemical Basis of Antigen Binding

Structure-Function Relationships in Antibody Molecules

    Features Related to Antigen Recognition

    Features Related to Effector Functions

Summary

4. The Major Histocompatibility Complex

Discovery of the MHC and Its Role in Immune Responses

    Discovery of the Mouse MHC

    Discovery of the Human MHC

Properties of MHC Genes

Structure of MHC Molecules

    Properties of MHC Molecules

    Class I MHC Molecules

    Class II MHC Molecules

Binding of Peptides to MHC Molecules

    Characteristics of Peptide-MHC Interactions

    Structural Basis of Peptide Binding to MHC Molecules

Genomic Organization of the MHC

Expression of MHC Molecules

Summary

5. Antigen Processing and Presentation to T Lymphocytes

Properties of Antigens Recognized by T Lymphocytes

Presentation of Protein Antigens to CD4+ T Lymphocytes

    Discovery of Antigen-Presenting Cells and Their Role in Immune Responses

    Types of Antigen-Presenting Cells for CD4+ Helper T Lymphocytes

    Capture and Presentation of Protein Antigens in Vivo

    Presentation of Protein Antigens to CD8+ T Lymphocytes

Cell Biology of Antigen Processing 

    Processing of Endocytosed Antigens for Class II MHC-Associated Presentation

    Processing of Cytosolic Antigens for Class I MHC-Associated Presentation

Physiologic Significance of MHC-Associated Antigen Presentation

    T Cell Surveillance for Foreign Antigens

    Nature of T Cell Responses

Immunogenicity of Protein Antigens

Summary

6 Antigen Receptors and Accessory Molecules of T Lymphocytes  (Parte I)

αβ TCR for MHC-Associated Peptide Antigen

    Structure of the αβ TCR

    Role of the αβ TCR in the Recognition of MHC-Associated Peptide Antigen

CD3 and ζ Proteins of the TCR Complex

    Structure and Association of CD3 and ζ Proteins

    Functions of CD3 and ζ Proteins

γδ TCR

Accessory Molecules of T Cells

CD4 and CD8: Coreceptors Involved in MHC-Restricted T Cell Activation

    Structure of CD4 and CD8

    Functions of CD4 and CD8

6 Antigen Receptors and Accessory Molecules of T Lymphocytes  (Parte II)

 CD28 and CTLA-4: Receptors That Regulate T Cell Activation

Other Accessory Molecules with Signaling Functions: CD45, CD2

Adhesion Molecules of T Cells: Integrins, Selectins, CD44

    Integrins

    Selectins and Selectin Ligands

    CD44

Effector Molecules of T Lymphocytes

Summary

7. Lymphocyte Maturation and Expression of Antigen Receptor Genes (Parte I)

General Features of Lymphocyte Maturation

    Early Maturation

    Antigen Receptor Gene Recombination and Expression

    Selection Processes That Shape the B and T Lymphocyte Repertoires

    Acquisition of Functional Competence

Formation of Functional Antigen Receptor Genes in B and T Lymphocytes

    Organization of Ig and TCR Genes in the Germline

    Antigen Receptor Gene Recombination

    Generation of Diversity of the B and T Cell Repertoires

(Para os assuntos marcados em amarelo, apenas uma sinopse, já que foi dado antes em sala de aula)

Maturation of B Lymphocytes

    Stages of B Lymphocyte Maturation

    Selection of the Mature B Cell Repertoire

    B-1 Subset of B Lymphocytes

7. Lymphocyte Maturation and Expression of Antigen Receptor Genes (Parte II)

Maturation of T Lymphocytes

    Role of the Thymus in T Cell Maturation

    Stages of T Cell Maturation

    Selection Processes in the Maturation of MHC-Restricted αβ T Cells

γδ Subset of T Lymphocytes

Summary

Vários artigos de revisão para download. Todos examinados e com importantes contribuições à disciplina. Vejam aqui.

Instruções para o ano de 2006

O livro adotado será  o Cellular and Molecular Immunology - Abul K. Abbas e Andrew H. Lichtman,

5a. edição, atualizada, Elsevier Saunders, Ed., 564 pp , 2005.  

Seguiremos do Capítulo 1 ao 14. O conteúdo do livro para estes capítulos estes capítulos está mostrado no sumário acessível aqui.

Adicionalmente, vamos usar uma página de Imunogenética para estudar a gênese da diversidade de anticorpos e a mudança de classes.

A estrutura da disciplina e o cronograma serão, portanto: (já incluídas as distribuições das aulas/seminários)

(*) os seminários deverão ser sobre papers sobre a resposta imune contra vírus, bactérias extra- e intracelulares e parasitas. Outros temas deverão ser abordados. Não serão empregadas revisões, mas artigos específicos sobre determinada questão, para que se possa enfocar a metodologia empregada para o estudo do sistema imune.

Para auxiliar na preparação dos seminários algum material extra será disponibilizado aqui.

Vários artigos de revisão para download. Todos examinados e com importantes contribuições à disciplina. Vejam aqui.

Até agora o grupo é formado por:

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